Шеки по праву називають архітектурним заповідником - тут збереглося безліч історичних пам'яток. Вулиці, вкриті бруківкою, будинки зі старовинними воротами і червоними черепичними дахами - тут все впорядковано, як в будь-якому невеликому європейському містечку.
Місто Шекі і Шекинских район багаті історичними пам'ятниками. В околицях міста відомі чотири фортеці, що відносяться до стародавніх і середніх століть.
Перша стародавня Шекінська фортеця, що відноситься до VI-VII століть, була зруйнована арабами, а потім монгольськими загарбниками, від неї залишилися в місті лише уламки кам'яної стіни.
Фортеця Кіш XIV - XV століть, була зруйнована у 1551 році правителем Ірану шахом Тахмасіб. Руїни цієї фортеці, кожен її камінь - безмовні свідки героїчної боротьби азербайджанського народу проти іноземних окупантів. Храм IV століття в селищі Кіш, піраміди VIII - IX століть в селищі Орта Зейдін, стародавня фортеця Ковур розташована, на півночі від селища Баш Гёйнік на неприступних скелях, фортеця Гизлар в селі Чайгара-гоюнлу - все це пам'ятники ще більш далекого минулого.
Фортеця Гелерсен-Герерсен.
В 4 км від Шекі, на березі річки Кіш, можна побачити мальовничі руїни фортеці «Гелерсен-герерсен». Фортеця стоїть на вершині гори Гаратепе. Імовірно фундамент її було закладено в XV столітті правителем Шекі Аліджану. Багато років фортеця охороняла підступи міста від іноземних загарбників. Вона була чудово укріплена, мала кілька рядів товстих стін. Про неприступності і міцності цієї фортеці згадується навіть в письмових джерелах.
Назва фортеці перекладається як «Прийдеш - побачиш». З цим пов'язана ціла сторінка історії міста. Закріпившись в ній Гаджи Челебі, який оголосив в 1743 році себе Шекинских ханом відмовився здатися Надир-шаха. Коли розлючений Надіршах захотів дізнатися, де він ховається і що дає йому сміливість підкоритися шахові, Гаджи Челебі, впевнений в неприступності фортеці послав шахові відповідь: "Прийдеш - побачиш". І дійсно в 1744 році Надіршах з великою армією підійшов до фортеці, але взяти її не зміг і відступив. Після цього за міцністю закріпилася назва "Гелерсен-герерсен".
Сьогодні фортеця - обов'язкове місце відвідування всіх туристів, що приїжджають в Шекі. Особливо таємниче руїни фортеці виглядають в густішій сутінках. Враження, ніби потрапляєш у ті буремні середньовічне час. На території фортеці багато глибоких колодязів, дна яких навіть не видно. За деякими версіями - це пастки для ворогів. Є також версія, що під фортецею існує підземний хід, на випадок втечі.
Нова Шекінська фортеця. (Проспект М.Ф.Ахундова 205)
Шекинских хан Гаджи Челебі (1743-1755) в період свого царювання побудував на північному сході фортеця, для оборони міста. Загальна довжина муру близько 1300 метрів, висота близько 8 м на півдні і 4 м на півночі. Товщина стіни більше 2 метрів. Уздовж неї на всьому протязі була розташована 21 захисна вежа. З півночі і з півдня фортеця була закрита арочними воротами. Стіна і вежі фортеці дійшли до нас сильно зруйнованими. У 1958-1963 роках фортеця була відновлена.
Караван-сарай (Шекінська вулиця, 75-79).
Оскільки Шекі в основному був містом торгівлі та ремесел, тут у великій кількості будували базари і караван-сараї. У XVIII - XIX століттях в Шекі були 5 великих караван-сараїв. До нашого часу дійшли два караван-сараю: Верхній і Нижній, обидва побудовані місцевими майстрами XVIII століття. Сюди приїжджали купці з різних країн, і слава про величину і зручність цих караван-сараїв була відома в усьому Закавказзі. Під час будівництва було передбачено все для зручності та безпеки купців і їх товару. Купець укладав свій товар в підвал, торгував на першому поверсі, а жив на другому.
Верхній караван-сарай (просп. М.Ф.Ахундова, 185)
Загальна площа його становить 6000 кв. м., висота з боку вулиці 14 метрів, зсередини 8 метрів. У будівлі більше 200 кімнат і підвалів. Караван-сарай має з двох сторін вхідні ворота. Внутрішня частина воріт являє собою арочне склепіння з цегли. Звід головних вхідних воріт вважається одним з найбільших арочних склепінь на Близькому Сході.
Нижній караван - сарай 
Загальна площа його становить 8000 кв. м. Висота з боку проспекту 12 метрів, а на сході і заході - 10 метрів. У будівлі 242 кімнати і підвалу.
З чотирьох сторін караван-сараю є великі вхідні ворота. З закритими воротами караван-сарай нагадує неприступну фортецю.
Мечеть Джума (Ханська мечеть) 
Мечеть побудована в 1745-1750 роках і розташована поруч з базарним майданом. Перед мечеттю розташовується невеликий цвинтар. Тут поховані Гаджи Челебі - правитель Шекі (XVIII ст.) І його наближені.
Ці могили увінчані куполами і надгробками, з вирізаним письменами на арабській мові. Сама мечеть, її мінарет і старовинне кладовище сьогодні охороняються державою як важливі історичні пам'ятники.
Мінарет Кюлехлі (вулиця Кюлехлі, 2)
Мінарет був побудований в XVI-XVII століть Кюлехлінском Махалі міста з обпаленої цегли. Це перший високий мінарет в зоні Шекі - Закатали. У XVIII-XIX століттях в місті було побудовано ще 3 великих мінарету. Вони і зараз велично підносяться над містом.
Древній албанський храм
У найстарішій з сіл Азербайджану - Кіш знаходиться унікальний пам'ятник старовини - древній албанський храм. Він володіє особливим статусом серед християнських албанських пам'ятників. Він має цінність не тільки як архітектурний пам'ятник, але і володіє видатною історичною цінністю. Офіційна дата його закладки - I століття нашої ери, час, коли територія Азербайджану входила в Кавказьку частина Албанії. Історики припускають, що храм заснував апостол Єлисей, який приніс в Албанію християнство: «Єлисей отримавши собі в уділ схід, направивши шлях з Єрусалиму до Персії, починає проповідувати з трьома учнями, піддався гонінням і прибув в Кіш, де влаштував церкву і приніс безкровну жертву» .
Під час розквіту християнської релігії на цій території Храм був дуже відвідуємо, проте в подальшому був покинутий і просто дивом уцілів до наших часів.
До сих пір Храм вражає уяву своєю красою. Яскраво-червона шатровий дах-шпиль немов «горить» на сонці. На високому куполі зображений хрест. Товсті стіни Храму немов прикрашені маленькими віконцями.
Усередині Храму прохолодно навіть в саму спекотну погоду, а повітря тут немов просочений старовиною. Всі бажаючі кидають в спеціальну нішу монетки, загадуючи щось своє. Внутрішні стіни Храму, на жаль, облупилися і занепали. Але в одному місці зберігся шар давньої штукатурки. Є повір'я, що, якщо прикладена до цього місця монетка прилипне, бажання збудеться.
Внутрішній двір Храму теж представляє інтерес. Тут знаходиться стародавнє поховання, накрите прозорим пластиковим куполом. Погляду постають лежать на глибині декількох метрів кістки древніх людей. Подібних могил на території храму чимало. Судячи з усього, тут поховані служителі храму або святі люди, які заслужили право бути похованими біля підніжжя «Божого дому». Вражають зростання похованих людей (не менше двох метрів).
Один з небагатьох збережених найдавніший храм Кавказької Албанії - церква святого Єлисея в селищі Кіш, є сьогодні пам'ятником багатовікової християнської культури закавказького регіону.
Ще один християнський храм албанського періоду, що датується VI-VII століттями, знаходиться в селі Орта-Зейзіт в околицях Шекі.
