Церква Святого Миколая розташована в самому центрі Батумі. Цій церкві більше 150 років і вона є однією з найстаріших в Батумі. Ініціатором спорудження церкви стало грецьке населення Батумі на чолі з главою міста греком Іллею Ефреміді.
У 1854 році, коли Ефреміді стає новим главою міста, він проводить масштабні будівельні роботи. Це сподобалося турецькій владі, і вони дали дозвіл на будівництво храму, але без дзвонів.
У 1865 році греки починають будівництво храму на землі, пожертвуваний на користь храму Іллею Ефреміді. Гроші на будівництво були зібрані парафіянами. Храм став не просто культовою будівлею, тут була сфокусована довгий час вся життя грецького населення Батумі. Тут з 1894 по 1898 рр. функціонували жіноча і чоловіча школи, а також розташовувався церковний хор, який вважався одним з кращих в Батумі. У 1878 році російські військові привезли дзвін, який і сьогодні прикрашає храм.
Церква Святого Миколая до будівлі Собору Різдва Пресвятої Богородиці була кафедральним собором. Перші молебні були відслужені в 1871 році. На початку 20-го століття греки острова Хіос піднесли церкви ікони Святого Миколая, Пресвятої Богородиці і Святого Георгія. На західній стіні храму знаходиться пам'ятний камінь, де по-грецьки написано: «Грецька церква Святого Миколая. Роки будівництва 1865-1871 ».
У 30-ті роки Храм Святого Миколи спіткала та ж доля, що і багато інших релігійні будови по всьому Радянському Союзу. Він був закритий і переданий в державне користування. Протягом майже 20 років церква не функціонувала, і тільки завдяки зусиллям грузинської інтелігенції Храм Святого Миколи знову відкрився в 1946 році. В цьому ж році відбулися перші реставраційні роботи, розпочаті на пожертвування православного населення Батумі. Другий етап реставраційних робіт пройшов у 1998-99 рр. На цей раз оновленню піддалася не тільки зовнішня архітектура будівлі, а й внутрішній інтер'єр.
На сьогоднішній день, Церква Святого Миколая - це не тільки культовий пам'ятник, але і один з найкрасивіших архітектурних та історичних пам'яток міста.
