В Естонії функціонує 4 авіакомпанії, виконують регулярні та чартерні авіаперевезення, не тільки всередині країни, але і по всьому світу. Найбільшою з них є національна авіакомпанія Estonian Air (Естоніан Ейр), заснована в 1991 році. Аеропортами базування в Естонії є Tallinn International Airport, в Москві - один з терміналів міжнародного аеропорту Шереметьєво. Estonian Air здійснює рейси в країни СНД: Київ, Мінськ, Москва. Парк літаків компанії складається з Bombardier CRJ - 900 і Embraer 170. Найдешевші авіаквитки можна придбати при проведенні сезонних розпродажів.
У число країн, які обслуговує естонська авіакомпанія, входять Бельгія, Німеччина, Голландія, Данія, Литва, Швеція, Норвегія, Хорватія та інші. Офіційний сайт пропонує купити авіаквитки на всі рейси. Також виконуються чартерні рейси в Арабські Емірати, Північну Африку, Середземноморські країни і Канаду. Літаки компанії виконують чартерні рейси на замовлення державних установ і туроператорів.
Estonian Air бере участь в програмі лояльності EuroBonus, куди входять всі члени Star Alliance і деякі скандинавські авіакомпанії. У зимовий період можна купити авіаквитки за досить привабливими цінами.
Компанія Airest (Ейрест), створена в 2001 році, в основному займається виконанням чартерних рейсів в міста Прибалтики. Базовий аеропорт знаходиться в Таллінні, а флот компанії включає літаки Let L - 410. Купити квитки за приємними цінами можна у партнерів компанії.
Заснована в 1991 році авіакомпанія Avies Air Company (Авіес Ейр Компані) обслуговує регулярні авіалінії в Естонії і польоти в довколишні країни. Також виконує чартерні перевезення та надає послуги авіатаксі. Базується компанія в Таллінні і експлуатує літаки BAe Jetstream 31/32. Покупка дешевих авіаквитків можлива на офіційному сайті.
Компанія Flylal Charters Eesti (Флайлал Чартерз Естонія) була заснована в 2009 році. Вона виконує чартерні авіарейси з Таллінна на найбільш популярні курорти. Її базовим аеропортом є Таллінн, а для перевезень використовуються літаки Boeing 737 - 300.
