Навигация
    Днепр Крым автобус Ежедневно
    У компании "Аnnainfotour" трехлетний опыт по предоставлению услуг населению по перевозке - трансферу. 5 000 клиентов ежегодно отправляются в поездку из украинских городов на полуостров Крым, благодаря

    Снижение цен на отдых в Крыму
    Создано 24.03.2014 17:32 Просмотров: 1995    В Общественной палате готовится пакет документов в Правительство, направленных на поддержание туристической отрасли Крыма. В общем-то предложения

    Отдых в Крыму-2016 "все включено": отели, санатории и пансионаты с фото и описанием услуг
    Крым является одним из самых популярных направлений туризма в России. На полуострове можно найти все, что необходимо для отдыха: ласковое море, чистые пляжи, высокие горы, бурные реки и огромный выбор

    Отдых в Крыму
    Базы отдыха в Крыму Санатории в Крыму Отели в Крыму Достопримечательности в Крыму Новости Крыма Глубоко выдаётся в Чёрное море, которым омывается с юга и запада, с востока омывается Азовским

    Отдых в Крыму в июне 2018: погода, цены, отзывы
    Полезные сведения об отдыхе в Крыму в июне: какова погода и температура моря, цены в 2018 году, куда лучше поехать с детьми, отзывы отдыхающих. Традиционно большинство людей предпочитают

    Отдых в Крыму в июле 2018: погода, цены, отзывы
    Полезная информация для тех, кто запланировал поехать на отдых в Крым в июле 2018 года: цены, погода, температура воды, отдых с детьми, отзывы туристов. Июль — любимый месяц для отдыха наших граждан,

    Крым отдых в Крыму цены 2018 без посредников
    Саки Крым   Саки, Западный Крым, расположен между курортами Евпатория и Симферополь. Крымский город-курорт Саки находится на берегу Каламитского залива в 4-5 км от открытого Черного моря. В 45 км

    Крымское землетрясение 1927 года. Описаны крымские землятресения
    Крымское землетрясение 1927 года Крымские землетрясения 1927 года и их последствия Землетрясение 26 июня 1927 года Землетрясения происходили в Крыму еще с древнейших времен, но самые

    Мобильная связь в Крыму
    Молния! Список адресов, где отключат связь в Севастополе. telecomrk публикует список адресов в г. Севастополь, где будут отключены или уже отключены базовые станции мобильной связи. Напоминаем,

    31. Присоединение Крыма к России
    Присоединение Крыма к России Впервые присоединение Крыма к России стало возможным в результате заключения Кучук-Кайнарджийского мира между Россией и Турцией в 1774 году. Большое значение присоединению

Реклама
Реклама

Контрастное лингвистическое и генетическое происхождение азиатского происхождения малагасийского населения

  1. Уникальное австронезийское происхождение мааньян После контроля качества мы получили генотипы для...

Уникальное австронезийское происхождение мааньян

После контроля качества мы получили генотипы для 701 211 SNP в новом наборе из 202 особей с Борнео: 162 маанян и 40 южных калимантанов Даяк (SK-Dayak). Чтобы охарактеризовать генофонд Ma'anyan и SK-Dayak в азиатском контексте, мы сфокусировали наш анализ на популяциях островов Юго-Восточной Азии, Восточной Азии и материковой части Юго-Восточной Азии (). В анализе основных компонентов (PCA) используется подмножество SNP, которые пересекаются с опубликованными данными из широкого диапазона региональных популяций (набор данных низкой плотности) ( Дополнительный рис. S1 ), первый главный компонент (объясняющий 19,3% дисперсии) отделяет популяции островов Юго-Восточной Азии от групп Восточной Азии и материковой части Юго-Восточной Азии, тогда как второй основной компонент (объясняя 17,5% дисперсии) разделяет игорот на положительную ось и Ma'anyan на отрицательной оси, с другими австро-говорящими популяциями, попадающими между ними, такими как тайваньские аборигены, филиппинцы, борнео (мурут, душун, леббо и южный калимантан-даяк) и суматранские популяции (суматранский малайский и каро). Другие группы, говорящие на австронезийском, такие как бидаю, яванцы и малайцы, группируются в направлении материковой части Юго-Восточной Азии, вероятно, из-за исторического влияния этого региона на эти группы. Интересно, что мааньяне формируют свой собственный полюс на участке и не группируются тесно с другими популяциями с Борнео, хотя генетически наиболее близкой популяцией по-прежнему является группа южнокалимантанских даяков, которая также является географически ближайшим соседом к мааньяну. Аналогичная картина кластеризации населения наблюдается как для наборов данных SNP низкой, так и высокой плотности ( Дополнительный рис. S2 ). Это наблюдение также согласуется со значениями FST, рассчитанными для набора данных низкой плотности ( Дополнительная таблица S1 ).

Карта, показывающая местоположение каждой группы населения, изученной в этой работеКарта, показывающая местоположение каждой группы населения, изученной в этой работе.

Карта генерируется с использованием программного обеспечения Global Mapper v.15 ( http://www.bluemarblegeo.com/ Продукты / глобального mapper.php).

Это уникальное генетическое расположение Ma'anyan подтверждается оценками примесей, также выполненными для набора данных с низкой плотностью (), особенно при K = 14, где он достигает своего самого низкого значения перекрестной проверки ( Дополнительный Рис. S3 ). Основными наследственными компонентами, наблюдаемыми в популяциях Юго-Восточной Азии, являются: i) австронезийский игорот и местный компонент Formosan (C3; светло-зеленый), ii) компонент материковой части Юго-Восточной Азии (MSEA) (C11; светло-коричневый); и iii) папуасский компонент (С2; светло-синий). Тем не менее, наш анализ выявляет основной новый компонент в островной Юго-Восточной Азии, который составляет от 80% до 95% от предков у мааньян (C8; темно-синий). Этот компонент Ma'anyan также найден с помощью анализа ADMIXTURE в нашем наборе данных SNP высокой плотности ( Дополнительный рис. S4a, б ). Остальные компоненты предков в мааньянах также встречаются в большинстве других индонезийских популяций и могут быть результатом совместной истории и / или ограниченного потока генов между мааньянами и соседними популяциями. В свою очередь, новый компонент C8, идентифицированный в Ma'anyan, также обнаружен на гораздо более низких частотах во многих других индонезийских группах, достигая своей наивысшей частоты в окружающих популяциях Ma'anyan на Борнео (~ 40%), но также появляется в некоторых материковое население Юго-Восточной Азии. Чтобы определить, является ли этот отдельный и однородный генетический компонент в Мааньяне результатом генетического дрейфа (из-за географической изоляции и / или эндогамии), мы сделали вывод о степени «прогонов гомозиготности» (ROH) в полном наборе данных высокой плотности. Гомозиготность у мааньян похожа на гомеозиготность других популяций Борнео ( Дополнительный Рис. S5 ), хотя они показывают гораздо более высокие уровни примеси (). Тем не менее, гомозиготность у мааньян ниже, чем у игорот, изолированного коренного населения, говорящего на австронезийском языке, проживающего в высокогорных районах Филиппин. Это говорит о том, что необычная гомогенность и уникальный компонент предков, обнаруженные в Мааньян, отражают историю миграции населения, а не просто являются результатом высокого уровня генетического дрейфа. Генетический дрейф также потенциально произошел в igorot и других изолированных этнических популяциях, которые демонстрируют низкое генетическое разнообразие и имеют небольшой размер популяции (такие как Mlabri) 27 , 28 или которые показывают высокий уровень кровного родства (например, малайский негритос) 29 ,

График ADMIXTURE с использованием базы данных низкой плотности с K = 14 (оптимум определяется перекрестной проверкой).

Каждый компонент идентифицируется определенным цветом и меткой C, которая соответствует его порядку появления от K = 2 до K = 14.

Анализ f3-статистики более четко показывает, что Мааньян не является смешанным населением ( Дополнительная таблица S2 ). Определяя Мааньян как дочернюю группу, все возможные комбинации популяций в наборе данных низкой плотности возвращали положительную статистику f3 с Z-показателями> -2, что указывает на отсутствие значительного потока генов. Кроме того, анализ TreeMix поддержал восемь миграционных событий, ни одно из которых не включало поток генов в Мааньян или из него ( Дополнительный Рис. S6 ). Напротив, событие миграции было поддержано из базального кластера MSEA, говорящего на австроазиатском языке H'in и Mlabri, в Bidayuh, население на северо-западе Борнео. Это говорит о том, что потоки генов MSEA достигли к западу от Борнео, но не к востоку.

Чтобы проверить, сместился ли генофонд Мааньян от его первоначального австронезийского происхождения или предка MSEA, мы выполнили статистический анализ f3-outgroup (). Все популяции островного населения Юго-Восточной Азии, за исключением бидаю, яванцев и сунданцев, были оттянуты к австронезийской стороне (согласно определению аборигенов Формозы). И наоборот, группы материковой части Юго-Восточной Азии были оттянуты в сторону MSEA (согласно определению H'tin). Падение мааньян в верхней левой диагонали сюжета свидетельствует о генетическом сходстве с австронезийскими, а не с группами MSEA. Чтобы определить ближайшую к Мааньяну популяцию, была исследована конфигурация f3 (Йоруба; Маанян, х ), где х представляет все популяции по очереди в наборе данных низкой плотности. Наивысшее значение было получено, когда х был igorot из Филиппин или не-мааньянских популяций Борнео (), результат, который также получается при использовании набора данных высокой плотности ( Дополнительная таблица S3 ). Эти результаты помещают генетическое разнообразие Ma'anyan в более широкий австронезийский генофонд.

Эти результаты помещают генетическое разнообразие Ma'anyan в более широкий австронезийский генофонд

( а ) Статистический анализ внешней группы f3, показывающий общую генетическую историю с австронезийскими группами (представленными аборигенами Формозана) по сравнению с группами материковой части Юго-Восточной Азии (представленными х'тинами). ( b ) Генетическое сходство между мааньянами и другими азиатскими популяциями, измеренное с использованием внешней статистики f3. Столбики ошибок показывают стандартную ошибку статистики f3. Красные точки представляют восточноазиатские группы; синие точки представляют группы островов Юго-Восточной Азии; зеленые точки представляют группы стран Юго-Восточной Азии.

Это австронезийское соединение также в значительной степени поддерживается анализом Identity-by-Distance (IBD), выполненным с уточненным IBD на наборе данных высокой плотности. Мааньян имеют больше гаплотипов с окружающими населенными пунктами Борнео и игорот, чем с группами материковой части Юго-Восточной Азии (например, камбоджийцы, бирманцы и вьетнамцы) (и Дополнительный рис. S7 ). При фильтрации по общей общей длине гаплотипа, превышающей 20 сМ (~ 20 Мб) между двумя индивидуумами, все еще наблюдались связи между группами мааньян и материковой части Юго-Восточной Азии, а также другими индонезийскими популяциями. Однако связи с группами материковой части Юго-Восточной Азии исчезают с большей длиной гаплотипа, в то время как связи с австронезийскими группами (включая игорот) поддерживаются до порога 40 сМ, что указывает на более недавнее общее происхождение (гипотеза о недавнем потоке генов может быть отвергнута). из более ранних анализов). При более высоких порогах (т. Е. При более длинных общих гаплотипах) остаются только соединения внутри Борнео. Вместе эти анализы (ADMIXTURE, PCA, прогоны гомозиготности, статистика f3, TreeMix и IBD) позволяют предположить, что уникальный генетический компонент Ma'anyan является необнаруженной частью более широкого австронезийского генетического разнообразия. Мааньян содержит уникальный австронезийский генетический компонент, что позволяет нам поднять вопрос: действительно ли генофонд Мааньян внес существенный вклад в малагасийский язык, что подтверждается лингвистическими данными?

Разделяемые фрагменты идентичности по происхождению между парами индивидуумов в Юго-Восточной Азии, фильтрующие для общего IBD> 20, 40 и 60 сМ.

Каждый человек представлен в виде синей точки. Каждый человек представлен в виде синей точки. Население представлено кругом точек. Общие фрагменты IBD представлены черной линией. Карты были созданы с использованием программного обеспечения Global Mapper v.15 ( http://www.bluemarblegeo.com/ Продукты / глобального mapper.php). Линии сетей были созданы с использованием программного обеспечения Cytoscape v.3.2.152 (см. 54 ).

Остров Юго-Восточной Азии, предки малагасийцев

Мы провели PCA с использованием набора данных низкой плотности, обнаружив, что первые два компонента описывают 54,6% наблюдаемой дисперсии ( Дополнительный рис. S8 ). Первый компонент (ПК1; объясняет 39,1% дисперсии) в значительной степени разделял континентальные группы Африки, Европы, Южной Азии и Восточной и Юго-Восточной Азии. Второй компонент (PC2; объяснение 15,5% дисперсии) дифференцировал малагасийцев и разделил восточную и юго-восточную азии на широкий градиент с севера на юг. Популяции маанян и южных калимантанов-даяков попадают в азиатский кластер. Три ранее опубликованные малагасийские группы (Temoro, Vezo и Mikea) расположены в промежуточном положении между африканскими и азиатскими кластерами, отражая их смесь африканских и азиатских предков. 9 , В целом, малагасийцы, как представляется, содержат больше африканских предков, чем азиатских.

Явный анализ примесей в наборе данных низкой плотности подтверждает эту оценку, показывая, что три малагасийских популяции имеют ~ 70% африканского происхождения (красный цвет) и ~ 30% азиатского происхождения (смешанные цвета;). Эти два основных компонента появляются в одинаковых пропорциях на графиках от K = 2 до K = 14 ( Дополнительный Рис. S9 ). Азиатская родословная малагасийских людей разнообразна, и ни один компонент (или набор компонентов) не указывает на конкретную азиатскую популяцию как источник малагасийцев. Азиатские компоненты, обнаруженные на малагасийском языке, вместо этого встречаются в Юго-Восточной Азии, включая Южный Калимантан, Даяк, Дусун, Мурут, Яванский и Мааньян. Однако, как описано в предыдущем разделе, ма'янцы несут определенный компонент (С8) с очень высокой частотой (от 50 до 95%), но это гораздо реже в других популяциях западных индонезийцев (<50% в Южном Калимантане). Dayak) и малагасийцы (2–15%), которые вместо этого демонстрируют сбалансированный диапазон других азиатских компонентов. Анализы PCA и ADMIXTURE подтверждают потенциальные связи между малагасийским и западным и центральным индонезийским населением (особенно Ява, Борнео и Сулавеси), но не указывают на первоисточник. Эти результаты также согласуются с общей природой притока генов с островов Юго-Восточной Азии в Малагасийский регион, как определено TreeMix ( Дополнительный рис. S10 ).

Поскольку африканское происхождение в Малагасийском университете может препятствовать точной идентификации азиатских родительских источников, мы провели анализ PCAdmix на полном наборе данных высокой плотности, чтобы замаскировать африканские варианты в малагасийских данных. Специфичный для азиатских предков PCA, запущенный на отфильтрованном наборе 17 043 SNP, объяснил 46,8% наблюдаемой дисперсии в наборе данных (). Первый основной компонент отделял восточных индонезийцев от западных индонезийцев и материковой части Восточной Азии. Второй основной компонент отделял материковые азиатские группы от островных в Юго-Восточной Азии. Как отмечалось ранее ( Дополнительный рис. S1 ), мааньян расположены в стороне от других групп островов Юго-Восточной Азии и образуют свой собственный полюс на графике. В этом более изощренном анализе азиатские маркеры, обнаруженные в трех малагасийских популяциях, тесно переплетаются с таковыми из прибрежного Борнео (Южный Калимантан, Даяк, Мурут и Дусун), хотя они явно не показывают какой-либо специфической близости с мааньян. Кроме того, некоторые малагасийские особи тесно связаны с особами баджо, что может указывать на то, что морские кочевники являются важными факторами миграции на Мадагаскар, как предполагалось ранее. 10 , Несмотря на эту общую связь между малагасийской азиатской родословной и группами Борнео, анализ FST с использованием того же набора данных подчеркивает, что южный калимантанский даяк по-прежнему имеет самое низкое генетическое расстояние до трех малагасийских групп (в среднем FST = 0,022) ( Дополнительная таблица S4 ), что позволяет предположить, что это вероятный источник в Азии.

10   ,  Несмотря на эту общую связь между малагасийской азиатской родословной и группами Борнео, анализ FST с использованием того же набора данных подчеркивает, что южный калимантанский даяк по-прежнему имеет самое низкое генетическое расстояние до трех малагасийских групп (в среднем FST = 0,022) (   Дополнительная таблица S4   ), что позволяет предположить, что это вероятный источник в Азии

Специфический по происхождению анализ основных компонентов на основе маскированных SNP из набора данных высокой плотности, полученного после анализа PCAdmix.

В совокупности эти анализы подтверждают, что малагасийцы представляют собой смесь населения африканских и островных стран Юго-Восточной Азии, что подтверждается многими предыдущими исследованиями. 6 , 7 , 8 , 9 , 30 , 31 , Тем не менее, это исследование предоставляет новую информацию о том, что популяции островов Юго-Восточной Азии, имеющие наиболее близкое генетическое сходство с малагасийцами, расположены вдоль побережья Борнео, хотя точные исходные популяции до сих пор не могут быть четко определены. Удивительно, но мааньян, несмотря на то, что он говорит на ближайшем родном языке с малагасийцами, не имеют особо сильных генетических связей с малагасийцами (и). Это отсутствие конвергенции между генетическими и лингвистическими данными предполагает, что для урегулирования Мадагаскара необходима более сложная модель. С другой стороны, уникальность генетического разнообразия, наблюдаемого у мааньян, открывает неожиданное окно для изучения сложной истории австронезийской экспансии на острове Юго-Восточная Азия.

Похожие

«Мы должны переехать в Абу-Даби, чтобы сохранить дом в Дублине»
«Мы должны переехать в Абу-Даби, чтобы сохранить дом в Дублине» Independent.ie Они молоды, они учителя, и они хотят купить дом в Дублине - но они должны покинуть Ирландию, чтобы сделать это. https://www.independent.ie/business/personal-finance/property-mortgages/weve-to-move-to-abu-dhabi-to-save-for-a-house-in-dublin-35628367.html
Анкит Венгурлекар Nokia вышел вперед и представил еще один классический телефон, 8110 на M...
Анкит Венгурлекар Nokia вышел вперед и представил еще один классический телефон, 8110 на MWC в этом году. Это не просто функциональный телефон, а преемник так называемого «бананового телефона» при первом запуске. Телефон, который был представлен в «Матрице» в свое
Dowz Wrocaw Free Мы принимаем заказы 24/7. Мы действительно онлайн! Вы не видите ничего интересного? Н...
Dowz Wrocaw Free Мы принимаем заказы 24/7. Мы действительно онлайн! Вы не видите ничего интересного? Напишите нам о том, что вы ищете, мы воплотим ваши идеи в жизнь со мной!
Дешевые авиабилеты | Путешествия, отели и прокат автомобилей на Skyscanner

Комментарии

Где мы спим?
Где мы спим? Как и положено морякам, мы спим на наших яхтах. Наше оборудование настолько комфортно, что нет проблем с комфортным сном и жизнью. Парусный климат способствует интеграции и установлению новых контактов, поэтому через несколько дней вы увидите, что на яхтах должно быть не менее 10 человек: D. Однако надо признать, что первая ночь может быть удивительной. «Как они здесь вписываются?!». Может быть! Где мы моемся?
Если мы решим купить беспроводной счетчик, что вы должны учитывать при выборе модели?
Если мы решим купить беспроводной счетчик, что вы должны учитывать при выборе модели? Противостояние проводов беспроводной счетчик Преимущество проводных счетчиков заключается в отсутствии помех и немедленной передачи данных от датчика к измерительной головке. Если вы не садитесь за руль велосипеда в глубокую малину, после того как он выпущен и закреплен, кабель должен оставаться на месте в течение длительного времени. Даже самая легкая покупка
Но мы только что оставили на коробке в общей сложности 600 бат?
Но мы только что оставили на коробке в общей сложности 600 бат? Для чего? Мы чувствовали себя немного обманутыми, Адриен, который с детства гулял, лазил (и несколько лет) один после высоких гор, даже обиделся, что он полагается на такой легкий толчок местности. Мы прошли табличку без раскаяния.
При поиске жилья на «острове вечной весны» вы должны начать с ответа на вопрос: что мы ожидаем от отдыха на Мадейре?
При поиске жилья на «острове вечной весны» вы должны начать с ответа на вопрос: что мы ожидаем от отдыха на Мадейре? Наш выбор должен зависеть от этого бюджета и от того, как мы планируем провести время на острове. Индустрия туризма на Мадейре предлагает чрезвычайно широкий выбор жилья. Начиная от кемпинга, пансиона и частного размещения, заканчивая роскошными пятизвездочными отелями, предлагающими отдых по системе «все включено». Каждый найдет что-то подходящее для себя. Подробнее о возможностях
Или, может быть, мы передадим другую сетку или поместим сеть в другую сеть?
Где мы спим? Как и положено морякам, мы спим на наших яхтах. Наше оборудование настолько комфортно, что нет проблем с комфортным сном и жизнью. Парусный климат способствует интеграции и установлению новых контактов, поэтому через несколько дней вы увидите, что на яхтах должно быть не менее 10 человек: D. Однако надо признать, что первая ночь может быть удивительной. «Как они здесь вписываются?!». Может быть! Где мы моемся?
Почему мы идем в отпуск?
Почему мы идем в отпуск? Для двух из трех респондентов праздничная поездка - это желание увидеть интересные места за границей - показать результаты опроса SW Research. Почти половина гарантии хорошей погоды имеет значение. Более 40% указали на желание изучать другую культуру, а каждый пятый - на более высокий уровень обслуживания. 30% опрошенных выбирают
Сразу после кампании в Мазурии стало больше людей, а теперь их стало меньше?
Сразу после кампании в Мазурии стало больше людей, а теперь их стало меньше? Возможно, однако, мы можем говорить о постоянном росте, хотя и не так масштабно, как если бы бренд работал над собой? - Здесь мы затрагиваем еще одну проблему, имеющуюся в масштабе всей страны, а именно данные, а точнее их отсутствие, позволяющие нам определить масштабы туристического движения в Мазурии или даже в Мазурском озерном крае, например, за последние пять лет. Статистика ОГО
Вам нравится то, что мы делаем?
Вам нравится то, что мы делаем? Поддержите проект Великой Полонии! Комментарии
Все они невероятно красочные, мы действительно хотели проверить, совпадает ли реальность с фотографиями открыток из Интернета, и знаете что?
Все они невероятно красочные, мы действительно хотели проверить, совпадает ли реальность с фотографиями открыток из Интернета, и знаете что? Мы не были разочарованы, Чинкве Терре может радовать. Управлять автомобилем очень сложно, поэтому лучше путешествовать между городами на удобных и часто курсирующих поездах. Мы рекомендуем забронировать как минимум 2 полных дня проживания . Это позволит вам в полной мере насладиться красотой этого (к сожалению, довольно многолюдного)
Что мы имеем сейчас?
Что мы имеем сейчас? Многие производители сталкиваются с бюрократическими препонами, затягиванием сроков выдачи лицензии, а также с давлением со стороны местной власти. Но мы не сдаемся! Организаторы форума приглашают всех заинтересованных предпринимателей, экспертов, ученых, депутатов и просто неравнодушных людей присоединиться к открытому обсуждению.
Когда мы предпочитаем Rail Pass обычным билетам?
Когда мы предпочитаем Rail Pass обычным билетам? Железнодорожные пропуски более выгодны, когда мы намерены путешествовать поездом по Европе в течение большего количества дней в большем числе стран и в странах, где справедливые цены на билеты относительно высоки.

Вы не видите ничего интересного?
Вы не видите ничего интересного?
Где мы спим?
«Как они здесь вписываются?
Где мы моемся?
Если мы решим купить беспроводной счетчик, что вы должны учитывать при выборе модели?
Если мы решим купить беспроводной счетчик, что вы должны учитывать при выборе модели?
Но мы только что оставили на коробке в общей сложности 600 бат?
Для чего?
#
Пользовательское соглашение | Copyright © 2016 Все права защищены.